مقاومت امام حسین(ع) در بیعت نکردن با یزید منجر به جنگ نابرابری بین آن دو شد. در این میان درباره چرایی بیعت نکردن امام حسین(ع) با یزید، شخصیت فرزند معاویه، ویژگی شیعیان کوفه و سرنوشت الهی بیشتر مطرح شده است. مسئله اصلی پژهش این است که اگر بیعت نکردن امام حسین(ع) با یزید با روش تاریخی بررسی شود چه عواملی در این تصمیم امام(ع) از اهمیت بیشتری برخوردارند؟ یافته های این پژوهش نشان می دهد که در منابع اولیه امید بستن امام(ع) به کوفیان و یا تن دادن به سرنوشتی محتوم تأثیر چندانی در عدم بیعت نداشته است. شخصیت یزید نیز تنها بخشی از علل عدم بیعت می تواند باشد. در این میان تقابل جریان اموی - علوی و تلاش امویان برای تخریب شخصیّت امام علی(ع) و شیعیان از مهمترین عوامل تأثیرگذار در بیعت نکردن امام(ع) با یزید است که کمتر مورد توجه قرار گرفته است. بر اساس شیوه معمول جامعه اسلامی با مرگ معاویه، انتخاب خلیفه باید به شورای مسلمانان واگذار می شد. در این صورت با توجه به شخصیت امام حسین(ع) و جایگاه اجتماعی و سیاسی ایشان، امکان داشت تا خلافت به خاندان اهلبیت(ع) بازگردد. در حالی که انتخاب یزید به ولیعهدی و تبدیل خلافت به حاکمیت موروثی برای همیشه بازگشت خلافت به خاندان اهل بیت(ع) را غیر ممکن می ساخت.
در تاریخ اسلام میان اصطلاح های خلافت، امامت و سلطنت هیچ وحدتی وجود ندارد و این خلط معنایی صرفا لفظی و لغوی نبوده، بلکه حاصل تحولاتی تاثیرگذار در تاریخ اندیشه اسلامی بوده است. اصطلاح «خلیفه»، به تفاوت، عنوانى برای تمام زمامداران یا خلافت نبوى در زعامت سیاسى مسلمانان و جانشینى خلیفه رسول الله، یا منصبى شرعى و نه عرفى به تمام خلفاى راشدین، امویان و عباسیان نیز به کار برده می شد. درباره «امامت» باید گفت متکلمان اهل سنت که به وضوح شاهد فساد دستگاه خلافت بودند و میان خلفاى راشدین با خلفاى اموی و عباسی تفاوتى ماهوى مى یافتند، به دلیل تداعى فساد خلفاى وقت، مایل نبودند اصطلاح امامت را که بر خلفاى زمانه آنان نیز اطلاق مى شد، مورد استفاده قرار دهند. همچنین در این نوشتار نشان داده می شود که تلاش براى آسمانى کردن سلطنت اسلامى و کوشش براى استحاله امامت و خلافت نبوى از سوى عوامل اموى و راویان آن دوره، در ادوار بعدى نیز ادامه یافت و در دوره عباسیان، فرمانروایان این خاندان نیز خود را خلیفه خداوند و حاکم الهى در روى زمین توصیف کردند. در واقع، با ابهام و خلل در اصول سیاست نبوى و سیاست خلفاى اولیه با نظام استیلایى و فرمانروایى سلطنتى، سنت هاى نبوى و اصول سیاست قرآنی مغفول ماند و سلطنت از این وضعیت بهره را کافى برد. با تبدیل خلافت به سلطنت، مصادیق نظریه امامت، به خلفاى اولیه محدود شد.